Základný formačný program Kolégia je dvojročný. Jeho trom pilierom sú vyhradené konkrétne časy a dni týždňa: pondelok - spoločenstvo a duchovný život, utorok - vzdelávanie, streda, štvrtok, piatok - individuálny program. V každom semestri sú súčasťou formácie aj duchovné rozhovory a víkendovka. Prvá, hneď po zápise, zameraná na budovanie spoločenstva, druhá, v letnom semestri v čase Veľkého pôstu, ako duchovná obnova.

Základnými formami vzdelávania (okrem individuálneho štúdia) v Kolégiu sú prednášky, kolokviá a/alebo workshopy s odborníkmi a osobnosťami vo svojich odboroch. Kolegianti tiež mávajú exkurzie a píšu jednu krátku esej za semester. Obsahom vzdelávania sú témy v troch hlavných oblastiach: viera, spoločnosť a veda.

Počas skúškového obdobia je formačný program v Kolégiu znížený na minimum.