Základný formačný program Kolégia je dvojročný. Jeho trom pilierom sú vyhradené konkrétne dni týždňa: pondelok - spoločenstvo, utorok - vzdelávanie, streda, piatok - individuálny program, štvrtok - duchovný život. V každom semestri sú súčasťou formácie aj duchovné rozhovory a víkendovka. V zimnom semestri zameraná na budovanie spoločenstva, v letnom semestri v čase Veľkého pôstu ako duchovná obnova.

Základnými formami vzdelávania (okrem individuálneho štúdia) v Kolégiu sú prednášky, kolokviá a/alebo workshopy s odborníkmi a osobnosťami vo svojich odboroch. Obsahom vzdelávania sú témy v troch hlavných oblastiach: viera, spoločnosť a veda.

Počas skúškového obdobia je formačný program v Kolégiu znížený na minimum.